Chronique de droit de la fonction publique | Refus de reconnaissance de l’imputabilité au service | Recours pour excès de pouvoir et référé-suspension

I. Les principales décisions de septembre 2026

Deux décisions particulièrement pertinentes ont été identifiées pour la contestation d’un refus de congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS).

Juridiction et date	Question juridique	Apport jurisprudentiel
CE, 29 septembre 2026, n° 495978, mentionné aux tables du Recueil Lebon	Date de guérison ou de consolidation après un accident de service	La décision fixant cette date n’est pas, par elle-même, soumise à l’obligation de motivation prévue à l’article L. 211-2, 6°, du CRPA.
CAA Toulouse, 10 septembre 2026, n° 24TL02217	Refus de reconnaissance d’une maladie professionnelle hors tableau	La demande peut être rejetée en l’absence de démonstration du seuil d’incapacité permanente requis, sans qu’il soit nécessaire d’examiner ensuite le lien direct avec le service.

Ces deux arrêts intéressent des situations distinctes : le premier concerne les conséquences d’un accident déjà reconnu imputable au service ; le second porte sur les conditions de reconnaissance d’une maladie professionnelle.

II. Conseil d’État, 3ème et 8ème chambres réunies, 29/09/2026, 495978 : distinction entre consolidation et fin de prise en charge

A. Les faits

Un fonctionnaire territorial, agent de la commune des Pavillons-sous-Bois, avait été victime d’un accident de service le 10 avril 2017.

Par une décision du 11 juin 2019, le maire avait notamment fixé au 3 juin 2019 la date de guérison de l’accident et refusé de reconnaître l’imputabilité au service d’une autre pathologie.

Un arrêté du 20 juin 2019 avait ensuite tiré les conséquences de cette situation en requalifiant en congés de maladie ordinaire certains arrêts de travail postérieurs.

L’agent avait contesté ces décisions devant le juge administratif.

B. La solution du Conseil d’État

Le Conseil d’État distingue :

• La décision fixant la date de guérison ou de consolidation.
• La décision mettant fin à la prise en charge au titre de l’imputabilité au service.
• La décision refusant la reconnaissance de l’imputabilité d’une pathologie.

Il juge que la seule fixation d’une date de guérison ou de consolidation ne constitue pas, en elle-même, une décision mettant fin à la prise en charge de l’accident ou de la maladie professionnelle.

En conséquence, cette décision n’entre pas dans les décisions devant obligatoirement être motivées au titre du 6° de l’article L. 211-2 du CRPA.

C. Apport pour le contentieux du CITIS

Cet arrêt est important, car il oblige l’avocat à distinguer les effets juridiques des décisions prises par l’administration.

Ainsi, lorsqu’un employeur public fixe une date de consolidation et refuse ensuite la prise en charge de nouveaux arrêts de travail, il faut examiner séparément la légalité de chacune de ces décisions.

Le moyen tiré du défaut de motivation de la seule décision fixant la consolidation n’est donc pas opérant sur le fondement retenu par le Conseil d’État.

En revanche, le refus de reconnaître une imputabilité ou de maintenir des droits doit être analysé au regard de ses propres motifs et de ses effets.

Conséquence pratique : la consolidation ne signifie pas nécessairement disparition de toutes les séquelles imputables au service, ni extinction de tout droit à la prise en charge des soins en lien direct avec l’accident ou la maladie.

Source officielle : Conseil d’État, 3ème et 8ème chambres réunies, 29/09/2026, 495978

III. CAA de TOULOUSE, 2ème chambre, 10/09/2026, 24TL02217, Inédit au recueil Lebon : la preuve du taux d’incapacité

Cette décision concerne une demande de reconnaissance de l’imputabilité au service d’une maladie présentée par une agente relevant du ministère chargé des transports.

La cour a relevé que l’intéressée n’apportait aucun élément permettant d’établir que sa pathologie était susceptible d’entraîner un taux d’incapacité permanente d’au moins 25 %, conformément à la réglementation applicable.

Elle en a déduit que le refus de reconnaissance n’était pas entaché d’erreur d’appréciation, sans devoir examiner l’existence d’un lien direct entre la maladie et le service.

Il convient de distinguer trois hypothèses :

Origine de la pathologie	Condition essentielle
Accident de service	Accident survenu dans le temps et le lieu du service, dans les conditions de la présomption légale
Maladie désignée dans un tableau de maladies professionnelles	Réunion des conditions prévues par le tableau, ou examen du régime applicable lorsqu’une condition fait défaut
Maladie non désignée dans un tableau	Lien essentiellement et directement causé par les fonctions et seuil réglementaire d’incapacité permanente

Point de vigilance : le seuil de 25 % ne doit pas être appliqué indistinctement à toutes les demandes de CITIS. Il concerne le régime des maladies non désignées dans un tableau, et non la reconnaissance ordinaire d’un accident de service.

Dans la préparation d’une requête, l’avocat doit donc identifier la qualification juridique exacte de l’événement invoqué avant de discuter les expertises médicales.

IV. Les jurisprudences antérieures de 2026 à rapprocher de ces décisions

1. Conseil d’État, 5ème – 6ème chambres réunies, 06/02/2026, 503285

Cette décision concerne un refus de reconnaissance de l’imputabilité au service des blessures subies par un fonctionnaire.

Elle présente un intérêt pour l’analyse du régime des accidents de service, notamment la qualification des circonstances dans lesquelles les lésions sont survenues. Elle doit être lue en relation avec l’article L. 822-18 du CGFP et la présomption d’imputabilité qu’il institue.

Dans une contestation de CITIS, l’avocat doit démontrer, à partir des faits établis, que l’événement répond aux conditions légales de cette présomption et vérifier si l’administration invoque une circonstance particulière susceptible de détacher l’accident du service.

2. Conseil d’État, 7ème chambre, 26/06/2026, 504768, Inédit au recueil Lebon

Cette affaire concerne un militaire victime d’un accident vasculaire cérébral survenu à bord d’un navire.

Le contentieux portait notamment sur le refus de reconnaissance de l’imputabilité au service et les conséquences sur sa prise en charge médicale et statutaire.

Réserve importante : les militaires relèvent d’un régime particulier. Cette décision peut nourrir une réflexion sur le lien entre service et pathologie, mais elle ne saurait être transposée automatiquement au régime du CITIS des fonctionnaires civils.

V. Les moyens d’annulation d’un refus de CITIS

Voici une grille utilisable pour préparer une requête au fond ou un référé-suspension.

Moyen	Fondement	Point de contrôle
Incompétence de l’auteur	Règles de compétence et de délégation	Signature et délégation
Insuffisance de motivation du refus	L. 211-2 et L. 211-5 CRPA	Motifs de droit et de fait
Vice de procédure médicale	Décrets statutaires applicables	Composition du conseil médical, procédure et garanties
Erreur de droit sur l’accident	L. 822-18 CGFP	Méconnaissance de la présomption d’imputabilité
Erreur de droit sur la maladie	L. 822-20 CGFP	Confusion entre maladie inscrite et non inscrite à un tableau
Erreur d’appréciation	L. 822-18 à L. 822-21 CGFP	Analyse des faits et des preuves médicales
Méconnaissance des conclusions médicales	Règles d’instruction de la demande	Contradictions inexpliquées et insuffisance de l’analyse
Erreur sur la consolidation	CE, 29 septembre 2026, n° 495978	Confusion entre consolidation et disparition des séquelles
Refus de prendre en charge les arrêts et soins	L. 822-21 et dispositions associées du CGFP	Lien avec l’accident ou la maladie reconnu imputable

Il est important de préciser que l’administration n’est pas systématiquement liée par les conclusions d’un médecin agréé ou par un avis médical. En revanche, une contradiction entre plusieurs expertises concordantes et la décision finalement prise peut constituer un élément particulièrement utile pour démontrer une erreur d’appréciation.

VI. Les évolutions réglementaires applicables depuis septembre 2026

Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires a modifié certaines règles relatives aux congés pour raisons de santé des fonctionnaires.

Ses dispositions concernent notamment les trois versants de la fonction publique et introduisent des renvois nouveaux dans les dispositions réglementaires relatives au CITIS.

Certaines modifications s’appliquent aux congés débutant ou prolongés à compter du 1er septembre 2026.

Pour toute décision administrative prise en septembre ou octobre 2026, il est donc indispensable de vérifier la version temporellement applicable des textes, spécialement :

• Fonction publique de l’État : décret n° 86-442 du 14 mars 1986, articles 47-1 et suivants.
• Fonction publique territoriale : décret n° 87-602 du 30 juillet 1987, articles 37-1 et suivants.
• Fonction publique hospitalière : décret n° 88-386 du 19 avril 1988, articles 35-1 et suivants.

VII. Quel recours exercer contre un refus de CITIS ?

Stratégie contentieuse selon la situation du fonctionnaire

Refus initial de reconnaissance d’un accident ou d’une maladie

Retrait d’un CITIS provisoire et récupération de rémunération

Fixation d’une date de consolidation et refus de prolongation

Voie contentieuse : recours pour excès de pouvoir contre le refus de CITIS, accompagné si nécessaire d’un référé-suspension (L. 521-1 CJA). Examiner la présomption d’imputabilité, les expertises et la motivation du refus.

Rédiger la requête correspondante

Pour le référé-suspension, deux conditions cumulatives devront être démontrées :

1. L’urgence, notamment en cas de réduction substantielle du traitement, d’interruption de prise en charge des soins ou de conséquences financières et personnelles graves.
2. Un moyen propre à créer un doute sérieux sur la légalité du refus, par exemple une erreur sur la présomption d’imputabilité, une irrégularité procédurale substantielle ou une erreur d’appréciation étayée par des expertises.

La suspension n’entraîne pas automatiquement la reconnaissance définitive du CITIS. Le juge peut toutefois ordonner des mesures provisoires adaptées à l’exécution de son ordonnance.

VIII. Conclusion

La décision majeure de septembre 2026 est celle du Conseil d’État, 3ème et 8ème chambres réunies, 29/09/2026, 495978, sur la distinction entre consolidation médicale et cessation de la prise en charge au titre de l’imputabilité au service.

La CAA Toulouse, 10 septembre 2026, n° 24TL02217 rappelle, quant à elle, l’importance de la démonstration du seuil d’incapacité permanente pour certaines maladies professionnelles hors tableau (25%).

Ces décisions montrent que la défense du fonctionnaire doit être construite autour de la qualification de l’accident ou de la maladie, de la preuve médicale, de la régularité de l’instruction et de la nature exacte de la décision contestée.

Cette chronique est une sélection de décisions vérifiées, et non un recensement exhaustif de toutes les décisions rendues en septembre.